Un domaine de responsabilité central de la CSC est l’organisation et l’assurance qualité de la formation postgraduée et continue des médecins. À cette fin, plusieurs sous-commissions spécialisées ont été mises en place :

- la Sous-commission pour la Formation Post-graduée et Continue (SFPC),
- la Sous-commission des Examens (SE),
- ainsi que la Sous-commission des Titres (ST), qui vérifie les qualifications des candidates et candidats au titre de la FMH et accompagne le processus de décision relatif à l’attribution du titre.

Afin de garantir la qualité des traitements dans la spécialité, la CSC a également mis en place la Sous-commission de Gestion de Qualité (SGQ) , qui met en œuvre les mesures correspondantes conformément aux directives de la FMH.

La CSC traite également des questions relatives aux tarifs et à la facturation. La Sous-commission des Tarifs (STA) représente les membres de la SSAI lors des négociations tarifaires avec les assurances maladie, le gouvernement et d'autres institutions. Elle surveille les structures tarifaires existantes, propose des adaptations et s'assure qu'une pratique de facturation adéquate est mise en œuvre.

Les questions professionnelles et déontologiques concernant la spécialité ou le corps médical au sens large sont traitées par la Sous-commission de Politique Professionnelle (SPP).

La CSC suit également de près les développements dans le domaine du diagnostic de laboratoire immunologique. Au sein de la SSAI, la Commission de laboratoire d'immunologie médicale (CMLI) est responsable de ce domaine.