Un ambito centrale di responsabilità della CCS è l’organizzazione e la garanzia della qualità della formazione postgraduata e continua dei medici. A tal fine sono state istituite diverse sottocommissioni specializzate:

- la Sottocommissione per la Formazione Post-Laurea e Continua (SFPC),
- la Sottocommissione degli Esami (SE),
- nonché la Sottocommissione dei Titoli (ST), che verifica le qualifiche delle candidate e dei candidati al titolo FMH e accompagna il processo decisionale relativo al conferimento del titolo.

Per garantire la qualità dei trattamenti nella specialità, la CCS ha inoltre istituito la Sottocommissione di Gestione della Qualità (SGQ) , che attua le misure corrispondenti secondo le direttive della FMH.

La CCS si occupa anche delle questioni relative alle tariffe e alla fatturazione. La Sottocommissione delle Tariffe (STA) rappresenta i membri della SSAI durante le negoziazioni tariffarie con le assicurazioni malattia, il governo e altre istituzioni. Supervisiona le strutture tariffarie esistenti, propone adattamenti e si assicura che venga attuata una pratica di fatturazione adeguata.

Le questioni professionali e politiche che riguardano la specialità o la professione medica in senso più ampio sono trattate dalla Sottocommissione di Politica Professionale (SPP).

La CCS segue con attenzione anche gli sviluppi nella diagnostica di laboratorio immunologica. All’interno della SSAI, la Commissione di laboratorio d'immunologia medica (CMLI) è responsabile di questo ambito.